La fauna de los parques nacionales del Sur y la zona cordillerana es esquiva. Por lo general, los mamíferos de los bosques andino-patagónicos son poco confiados y se ocultan de la presencia de los visitantes. Ya sea por los antecedentes que amenazaron a distintas especies (lo que pudo obligar a su replegamiento), o por hábitos propios, los animales del Sur, son raros de ver. El pudú se mueve agazapado en los sectores húmedos del bosque en donde la maleza impide que una persona camine por allí. El huillín o lobito de río patagónico tiene restringida su área de distribución en los arroyos más silvestres, alejados de los centros poblados.
El monito de monte, un marsupial, tiene hábitos nocturnos y permanece alto en las ramas de los coihues y otros árboles de la región. Los Strigiformes, búhos y lechuzas, despiertan de noche y la escasa luminosidad complica su avistamiento.
Así y todo, con un poco de suerte y con un comportamiento delicado y atento dentro del bosque, es posible toparse con alguno de los seres que pueblan el bioma andino de la Patagonia.
No obstante la existencia de numerosas especies, no todas gozan de una vida sin peligro, por lo que el conocimiento de su situación de preservación tomando como caso el Parque Nacional Nahuel Huapi puede ayudar a protegerlas y a valorizar aún más el avistamiento de las mismas. En peligro de extinción: choique o ñandú petiso, huillín o lobito de río patagónico y huemul. Vulnerables: rana del Challhuaco, ranita andina, rana borravino, pato de torrentes y ratón peludo acanelado,gato huiña, pudú y monito de monte.
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